Pada tahun 1959 sebuah rumah sakit didirikan di Muara Teweh dengan menempati rumah warga di Jl. Sengaji Hulu, yang kemudian di tahun 1960 berdiri menjadi RSUD. Tahun 1975 bangunan RSUD mengalami kebakaran dan selanjutnya dipindahkan ke Jl. Yetro Sinseng. Sejak tahun 1976 Komplek gedung RSUD Muara Teweh mulai dibangun dan direnovasi sejalan dengan kebutuhan penyediaan pelayanan kesehatan yang terus meningkat jenis dan volumenya.

Rumah Sakit Umum Daerah Muara Teweh berlokasi di Jl. Yetro Sinseng No.2 Muara Teweh, Kabupaten Barito Utara Provinsi Kalimantan Tengah, berdiri diatas lahan seluas 7000m2; bertipe C dengan Surat Izin Tetap dari Kementerian Kesehatan RI No.472/Menkes/V/2008 tanggal 20/05/2008. RSUD Muara Teweh dimiliki dan dikelola oleh Pemkab. Barito Utara.

RSUD Muara Teweh ditetapkan sebagai Badan Layanan Umum Daerah (BLUD) dan menerapkan pola keuangan BLUD sejak tahun 2015 berdasar Kep. Bupati BARUT No.188.45/543/2014 tentang Penetapan Status Pola Keuangan (PPK) BLUD pada RSUD Muara Teweh. Pelaksanaan pola BLUD diatur lebih lanjut melalui Perda Kab. BARUT No.3 Tahun 2017 tentang Pedoman Pengelolaan BLUD RSUD Muara Teweh.

Berdasarkan Peraturan Gubernur Kalimantan Tengah No.22 Tahun 2015, RSUD Muara Teweh menjadi RS Rujukan untuk Wilayah Cakupan Regional III, yang meliputi 3 (tiga) kabupaten tetangga lainnya, yakni Kabupaten Murung Raya, Kabupaten Barito Selatan dan Kabupaten Barito Timur.

Pada Tahun 2016 RSUD Muara Teweh berubah menjadi Unit Pelaksana Teknis Dinas Kesehatan Kab. BARUT, yang bersifat otonom dalam penyelenggaraan tata kelola rumah sakit dan tata kelola klinis serta menerapkan pola keuangan BLUD sebagaimana diatur dalam Perda Kab. BARUT No.2 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Kab. BARUT, sebagai bentuk implementasi PP No.18 tahun 2016 tentang Perangkat Daerah. Tahun 2017 RSUD Muara Teweh lulus Akreditasi Perdana sesuai Sertifikat Komisi Akreditasi Rumah Sakit (KARS) No.KARS-SERT/447/VIII/2017 Tanggal 25 Agustus 2017.